Кому мешает ДНК-генеалогия? - Анатолий Клёсов

Продолжаем, опять Балановский, и опять про логарифмический метод, описывая, как рассчитать время до общего предка: «Расчет числа мутаций от условно реконструированного предкового гаплотипа – например, ASD-статистика (БендирЬа et al, 2006), суда же относится и логарифмический метод Кле-сова».

Опять Балановский ничего не понял. Нет в логарифмическом методе «расчета числа мутаций», там мутации вообще не считаются, и тем более от «реконструированного предкового гаплотипа». Ничего «реконструированного» в логарифмическом методе нет, там базовый гаплотип наблюдается напрямую, и число его повторов вносится в логарифмическую формулу. Не странно ли, что Балановский, не имея понятия, о чем говорит, все время ударяет лицом в грязь? Неужели ему не надоело и не совестно? Хотя опыт показывает, что нет, не надоело и совсем не совестно.

В дискуссию опять вступает некий «Alex», который опять сомневается в логарифмическом методе расчетов, в частности, в использовании понятия «число поколений» – «Какой же смысл имеет это число поколений, если базовый гаплотип – не настоящий предковый». Ну, «Алексу» простительно, он время от времени сообщает, что не разбирается ни в генетике, ни в ДНК-генеалогии. Правда, зачем-то комментирует. На самом деле в логарифмическом методе базовый гаплотип – это именно предковый. В примерах выше мы приводили реальные данные – в одной выборке гаплотипов было 249 базовых гаплотипов, в другой – 114, в третьей – 88 базовых гаплотипов. Это те гаплотипы, которые были идентичны друг другу в выборке. Чем ближе общий предок выборки жил к нашему времени, тем больше пропорция базовых гаплотипов в выборке. Никакой «реконструкции» базовых гаплотипов там не требуется, они – непосредственно предковые.

Слово получает Валерий Запорожченко, попгенетик, ученой степени нет: «логарифмический способ нам показывает дистанцию между КАКИМ-ТО гаплотипом в выборке, и всеми прочими гаплотипами в ней». Я, признаться, не знаю, как можно так исказить смысл логарифмического метода. Еще раз – в выборке находится серия базовых гаплотипов, это те, которые в выборке повторяются несколько или много раз, и это число подставляется в логарифмическую формулу, приведенную выше. Примеры расчетов даны выше. Как можно при этом писать, что «логарифмический способ нам показывает дистанцию между КАКИМ-ТО гаплотипом в выборке, и всеми прочими гаплотипами в ней»? Не «какой-то» гаплотип, а тот, который в данном случае повторяется, в рассмотренном выше примере, 249 раз.

Еще комментарий, каким-то участником «без лица», что «в логарифмическом методе идет «простое вымывание базового гаплотипа»

Я прокомментировал: это относится к любому процессу в химии или биохимии, там или «простое вымывание» исходного материала, или «простое накопление» продукта. В радиохимии идет «простое вымывание» исходного изотопа. А когда есть смесь изотопов, то идет «простое вымывание» их всех, одних быстрее других, других медленнее. Мудро. Осталось только кинетику процесса посчитать. Да на вклад отдельных изотопов (или гаплотипов) разделить. Да поправку на возвратные мутации (в гаплотипах) внести. Да решить, какие маркеры для расчетов использовать. Да константы скоростей мутации откалибровать по генеалогиям и историческим событиям. То-то попгенетики уже 20 лет с этим «простым вымыванием» справиться не могут.

Уже на склоне «дискуссии» некто Сергей воскликнул: «Клёсову по существу кто-нибудь будет возражать содержательно? Возьмём его логарифмическую формулу, что в ней неправильно?». Ответа ни от кого не последовало.

Alexei Kassian – лингвист, «подписант» письма 24-х: «для Клесова генеалогия МакДональдов – это и есть основная калибровочная шкала, по которой он выкручивает свою логарифмическую формулу».

На это я и отвечать не стал. Касьян и понятия не имеет, о чем пишет. И при таком «понятии» он подписывает коллективное письмо против ДНК-генеалогии. Про ДНК-генеалогию МакДоналдов я расскажу при ответе на следующий вопрос.

Вообще в таких «дискуссиях» в очередной раз понимаешь их бессмысленность. Дискуссия хороша там, когда стороны внимательны по отношению друг к другу, хотят понять, в чем они могут ошибаться, и хотят найти «истину» в той мере, в какой она имеет место (или может быть воспринята как наименее противоречивая концепция) на данном этапе научного познания. В «Троицком варианте» такого не было и близко. Никакие объяснения заблуждений попгенетиков и прочих историков (типичный пример – Л. Клейн) в принципе ими не воспринимались, да вопрос ими так и не ставился. Даже такой «прозрачный» пример, как логарифмический подход расчета в сериях гаплотипов, отвергался с самого начала, и объяснения были бесполезными. Они либо игнорировались, либо отвергались на смехотворной основе, либо «дискуссия» переходила на личности. Время от времени в «дискуссию» внедрялись люди, от науки вообще бесконечно далекие, типа «журналиста» В. Лебедева, и вбрасывали полностью лживую информацию персональной направленности, типа что мной занимаются судебные органы США за финансовые махинации, или что я планирую получить часть наследства русского царя Николая Второго. Никаких источников, естественно, при этом не приводилось, и приводиться не могло. Лебедев вообще типичный представитель желтой прессы, патологический лжец и русофоб, и понятно, что я его раздражаю за происхождение из среды древнего военно-боевого состава (Лебедев своих предков не знает даже в двух поколениях, да и в одном не очень осведомлен, о причинах не буду говорить), за антинорманистскую позицию (Лебедев – активный норманист), и так далее. Если бы я стал оспаривать эти лживые пасквили, тут же было бы объявлено, что я «оправдываюсь». Поэтому подобные дискуссии никакого смысла не имеют, кроме одного – их можно описать, текстуально процитировать «возражения» и дать им детальные объяснения для интересующихся читателей, что я и делаю.

Вопрос 77: Чем полезны сочетания документальной генеалогии и ДНК-генеалогии? Расскажите про пример МакДоналдов.

Пример с МакДоналдами показателен, так как с него фактически начиналась ДНК-генеалогия. Это были в свое время, семь лет назад, простые подходы, но они закладывали концептуальные подходы ДНК-генеалогии.

В Шотландии есть знаменитая «генеалогическая» семья МакДоналдов, их несколько тысяч человек, на них работает целый штат профессиональных генеалогов, их документальная генеалогия изучена во всех возможных деталях. И неудивительно, часть их (гаплогруппы R1a) берут свое начало от шотландского вождя Сомерледа, среди их предков наполеоновский маршал МакДоналд и много других выдающихся людей. Основная группа МакДоналдов гаплогруппы R1a ведет свою линию от Джона Лорда Островов (John Lord of the Isles), умершего в 1386 году, то есть 628 лет назад. Принимая 25 лет на условное поколение (именно эта величина входит в величины констант скоростей мутаций, приведенные в этой книге), получаем, что Джон умер 25 условных поколений назад, то есть жил примерно 25-26-27 условных поколений назад. В 2008 году серия гаплотипов потомков Джона[90] насчитывала 68 гаплотипов, затем (в 2010 году) 84 гаплотипа. Среди 68 гаплотипов в 6-маркерном виде было 17 мутаций, и 53 гаплотипа были немутированными, то есть базовыми. Начнем считать по правилам ДНК-генеалогии, сначала по мутациям, используя так называемый линейный метод: 17/68/0.0074 = 34±9 условных поколений до Джона (погрешность велика, поскольку мутаций мало). Теперь считаем без учета мутаций, используя логарифмический метод: [ln(68/53)]/0.0074 = 34±6 условных поколений назад. 0.0074 – это константа скорости мутаций для 6-маркерных гаплотипов, см. выше.

Потом появились 60 гаплотипов в 25-маркерном формате, в них – 69 мутаций, и из них 18 гаплотипов были базовыми, то есть идентичными друг другу. Получаем:

Линейный метод – 69/60/0.046 = 25±4 условных поколений.

Логарифмический метод – [ln(60/18)]/0.046 = 26±7 условных поколений.

Потом, с расширением тестирования, появились 84 гаплотипов в 25-маркерном фоормате, и в них во всех содержалось 109 мутаций. В тех же 84 гаплотипах в 12-маркерном формате было 44 мутации. Получаем:

Для 12-маркерных гаплотипов 44/84/0.02 = 26±5 условных поколений.

Для 25-маркерных гаплотипов 109/84/0.046 = 28±4 условных поколений. Здесь 0.02 и 0.046 – это константы скорости мутации для 12– и 25-маркерных гаплотипов, соответственно.

Мы видим, что по 6-маркерным гаплотипам идет завышение датировок, хотя и в пределах диапазона погрешностей. Но 6-маркерные – наименее надежные гаплотипы для расчетов датировок.

Итак, наблюдается разумное совпадение с документальной генеалогией по Джону и его потомкам: документальная генеалогия дает 628 лет до годовщины смерти Джона (1386 год), а ДНК-генеалогия дает 650–700 лет до времени его жизни (1314–1364 год), то есть практически абсолютное совпадение в контексте данного исследования, учитывая, что год его рождения неизвестен.