Кому мешает ДНК-генеалогия? - Анатолий Клёсов

Самое забавное в том, что этот незнайка, применяя «методы» популяционной генетики и ошибаясь на сотни процентов в датировках, заявляет, что «технические аспекты «ДНК-генеалогии» являются «малоэффективными, но приемлемыми»…». «Малоэффективные» произнесено на том же автопилоте, в том же раже дискредитировать. Если бы его спросили расшифровать понятие «малоэффективные», он бы не нашел, что ответить. Ни одного примера привести бы не смог. За «приемлемые» – отдельное спасибо, мой сарказм заметен?»

На конференции в РАН в ноябре 2014 года О. Балановский показал следущий слайд:

Я привел его на Переформате[87] и прокомментировал: «Это какие же «многие методы датировок» известны в популяционной генетике? Что такое «неоптимальная логарифмическая формула»? Что за «калибровка, совпавшая с уже известной»? Опять сплошная ложь. Возможно (и определенно) полная некомпетенция, безграмотность. Ранее я показывал, что за «методы датировок» используют в попгенетике, и к чем это приводит. К мусору, которым заполняют журналы…»

Давайте напрямую. Никаких «многих методов» в популяционной генетике нет. Иначе бы не выбрали печально известный «популяционный метод», который системно дает завышения датировок на 300–350 %, и который с 2004 года узаконен в академических журналах популяционной генетики и применять который продолжают требовать рецензенты. «Неоптимальная» логарифмическая формула – это основное уравнение химической кинетики для процессов первого порядка, которое адаптировано к расчетам кинетики мутаций в гаплотипах, включая поправку на возвратные мутации. «Калибровки, совпавшей с уже известной» просто нет, это просто выдумано, просто для пустого негатива.

Остается с жалостью наблюдать, как Балановские выдумывают все что угодно, лишь бы «дискредитировать», как им представляется, новые подходы, им до того неведомые.

Балановским вторит некто «Алекс» в дискуссии на «Троицком варианте»[88]: «почему «линейный» и «логарифмический» методы названы независимыми? И общее число мутаций, и число немутировавших гаплотипов определяются временем и скоростью мутирования, так что вычисленное по ним время не может не быть одинаковым».

Я ответил: «То, что «вычисленное по ним время не может не быть одинаковым» – принципиальное непонимание того, что серии гаплотипов очень часто представляют собой смеси разного происхождения. Собрали в некоем регионе пару сотен гаплотипов, а откуда известно, что они от одного общего предка? Без этого «расчет времени до ближайшего общего предка» не имеет смысла, хотя представляется заманчивым просто посчитать у всех число мутаций и разделить на число гаплотипов. Какое-то число всегда получится. А вот если применить упомянутые два расчетных подхода, то они часто дают разные величины. Это и означает, что смесь гаплотипов «неоднородна», картина мутаций не подчиняется закономерностям кинетики первого порядка. Только если оба метода дали одинаковые результаты (в пределах погрешности расчетов), то результат верен.

Аналогия – попытка рассчитать «время полураспада» смеси разных радиоактивных материалов. Система не будет описываться кинетикой первого порядка (кроме совсем уж специальных случаев, когда у всех материалов одно и то же время полураспада).

Как часто бывает, люди безграмотные, типа Балановского или «Алекса», генерируют общий негативный шум, причем совершенно неконструктивный. Никто из них не сообщил, как надо рассчитывать, и почему логарифмический метод «неоптимальный». Что такое вообще «оптимальный»? Может, Балановский сообщит, даст пример «оптимального»? Понятно, что нет, он в подобных расчетах совершенно тёмный человек. Но ужас как хочется «критиковать», «подвергать сомнению», авось, кто нибудь, столь же темный, клюнет. Нет ничего более далекого от науки, хотя Балановский к науке имеет совершенно косвенное отношение. Это, скорее, лаборант от науки, как и Е. Балановская. Никакой научной критики от них никогда не было, были только общие инсинуации, к науке не имеющие отношения. Например, Е. Балановская с трибуны той же ноябрьской конференции в РАН оповестила: «Клёсов эксплуатирует собранную генетиками информацию, обрабатывает её неизвестными методами и получает красивые результаты на потребу публике». Так все-таки неизвестными методами, или «известными в популяционной генетике»? Мать и дитя Балановские уже настолько изолгались, что сами себе противоречат. Если действительно «неизвестными методами», и попгенетики настолько беспомощны в корректной и информативной обработке собранных ими гаплотипов, то надо заменить их некомпетентность и неумение на полученные корректными методами «красивые результаты», тут Балановская не ошиблась. А что до «неизвестных методов», то учиться надо. И придется учиться, деваться просто некуда. А уж «на потребу публике» – это ложь Балановской от беспомощности и отчаяния, от своей некомпетентности. Красивые результаты – это правильные результаты, что еще физики давно подметили.

Почему попгенетики переполошились в отношении логарифмического метода датировок общих предков выборок гаплотипов?

Забавно наблюдать переполох в стане попгенетиков, который (переполох) у них вызвал логарифмический метод. Давате рассмотрим причины этого явления, но так, чтобы это продвинуло наши знания. Характерно, что попгенетики своей «критикой» знания не продвигают, у них обычно голый и непродуктивный негативизм. Мы уже отметили выше безграмотные и неконструктивные высказывания Балановского, что логарифмический метод, по его мнению, «неоптимальный», и некого «Алекса», что этот метод ничего не дает, поскольку он, как и все остальные, определяется «временем и скоростью мутирования», а, значит, ничего нового. Опять безграмотность зашкаливает. По этой логике, любые методы и расчетный аппарат химической кинетики ничего нового не дают, поскольку все они определяются временем и скоростями реакций. Представляете «глубину» вот такого высказывания? И генетика по этой логике ничего не дает, там вообще всего четырьмя нуклеотидами все определяется. Узнал, какими, и вся генетика уже как на ладони, ничего нового. И вот так, такими «специалистами», проводилась вся дискусия на «Троицком варианте».

Вопрос – откуда такое нестерпимое желание дискредитировать новые методы и их авторов? Ведь действительно забавно это наблюдать.

Прежде чем ответить на этот вопрос, рассмотрим, в чем состоит новизна и полезность логарифмического метода при анализе скоростей мутаций и расчетов времен жизни до общего предка выборок гаплотипов. Сразу скажем, что ничего подобного в попгенетике не было. Никто логарифмические методы в расчетах до последнего времени, до моих публикаций в 2009 году, не применял. Так что вопрос о новизне в применении к мутациям в гаплотипах решается просто и однозначно.

Теперь посмотрим, откуда этот метод появился. По сути, это хорошо известный подход в химической кинетике, описывающий кинетику первого порядка, правда, мутации в гаплотипах привнесли некоторые особенности. Никто не делает в химкинетике поправки на возвратные мутации, потому что процессы, описываемые кинетикой первого порядка, обычно являются необратимыми процессами, и описываются константой скорости первого порядка, в том числе и тогда, когда включают элементы обратимости. Просто в последнем случае реакция доходит не до конца, по типу A → B, а до некоего равновесного процесса, при котором в системе «уравновешиваются» остатки химического соединения А и продукта его превращения В. Задачи обычно состоят в расчете константы скорости первого порядка, либо «элементарной», либо «кажущейся».

В ДНК-генеалогии ставится другая задача, а именно исходя из картины мутаций в серии гаплотипов, найти время, когда жил общий предок этой серии гаплотипов, которую имеют потомки. Там есть возвратные мутации, искажающие картину, и занижающие время до общего предка, поэтому там надо не рассчитать константу скорости мутации, она уже известна из других опытов, а найти время до общего предка, скорректированное на обратные мутации, причем корректировка зависит от того, когда жил общий предок выборки. Наверняка можно придумать аналогичную систему и в химической кинетике, но так вопрос обычно не ставится.

Тогда почему такая возня со стороны попгенетиков, с выраженным желанием отрицать значимость метода? Метод же очень удобный, для больших серий гаплотипов (где подсчет мутаций наиболее трудоемкий) задача решается буквально за минуту-две, вместо многих часов, а то и дней, на подсчеты тысяч мутаций, и что важно, он дает новый критерий однородности системы гаплотипов и, следовательно, корректности расчетов времени жизни общего предка. Предствляете, сколько нужно времени для подсчета числа мутаций в серии из 3466 гаплотипов в 111-маркерном формате, то есть в наборе из 384 726 аллелей, со временем жизни общего предка 3800 лет назад? Там – 92 120 мутаций. А логарифмическим методом – несколько минут. Берется файл в Excel, и используя известную функцию компьютера, аллели сортируются, выбирая только базовые гаплотипы. Это делается буквально в несколько касаний.